一般人很容易把大肠激躁综合征（IBS）及发炎性肠道疾病（IBD）搞混因为这两种疾病都可能会造成有肚子痛、腹胀、拉肚子或是便秘的情形；虽然两者有相似之处，但是两个疾病有不同的原因和治疗方式。
大肠激躁症vs发炎性肠道疾病别傻傻分不清
大肠激躁综合征主要为肠道功能障碍疾患，也就是消化系统看似正常，但并非一直运作正常；常有排便次数以及大便形态的改变，并会伴随有腹痛、胀气等肠胃不适情形，排便后不适感会暂时缓解；但这些症状并没有专一性，所以诊断时要先排除其他的可能的疾病（例如大肠癌、发炎性肠道疾病或乳糜泻等）。
发炎性肠道疾病目前被认定为自体免疫相关的肠道疾病，详细病机仍不甚清楚；主要可以分成溃疡性肠炎和克隆氏疾病两种。发炎性肠道疾病会导致消化系统慢性（持续性）发炎，而进一步会破坏肠道结构，此类疾病会造成本身肠道的物理性伤害，进而产生临床上不适症状，医生通过内视镜、手术或是切片等检查，会看到肠胃道急性、慢性发炎、溃疡或是狭窄等情形。
两种疾病共同点：腹痛腹泻、好发于年轻人
两种疾病都有肠道不适的症状，有些时候容易被混淆造成诊断上的误判而延误治疗。拿工厂运作来比喻，肠躁症就好像工厂外观及内部机器一切正常，但是工厂管理出了问题，所以外观结构看似正常，但是功能运作却出了问题；而发炎性肠道疾病则好比工厂的外观有损毁及内部机器破损，造成工厂外外观结构与运作都出了问题，有时候还得砍掉重练，例如手术切除等。
很多人甚至是医生容易把大肠激躁综合征和发炎性肠道疾病搞混，因为这两种疾病都会造成长期且慢性的肠胃道问题，包括腹痛以及拉肚子，另外，这两种疾病都容易发生在年轻人。
发炎性肠道疾病3大特征和肠躁症不一样
大肠激躁综合征还可能会造成便秘、过多的肠气，甚至恶心想吐、头晕等症状，有时候甚至会让你觉得迫切需要去排便；发炎性肠道疾病因慢性发炎，则可能会有血便或黑便，长期下来可能造成食欲变差或是体重减轻，如果没有接受治疗的话，临床症状会越来越严重。
发炎性肠道疾病可能因为肠道有溃疡化脓等状况，而有发烧的情形，因为是自体免疫相关疾病，可能还会伴随一些肠胃道以外的病症，例如关节炎、坏疽性脓皮病、原发性硬化性胆管炎、口腔复发性溃疡等等。
临床上有时候要分辨大肠激躁综合征与发炎性肠道疾病真的不是那么容易，一般而言，发炎性肠道疾病临床症状还会比大肠激躁综合征更严重，常还伴随有肠道构造上的破坏，例如溃疡、肠道狭窄、瘘管形成或是出血等症状。
判断上，临床医生可能还需要做一些检查，像是抽血或是检测粪便，甚至是安排大肠内视镜看看是否肠内黏膜有受到侵犯，必要时还会做肠黏膜组织切片，来判断病因，甚至是安排CT或是其他影像学的检查，进一步搞明白病况。